Il lago di Varano è il più grande dell'Italia meridionale (60,5 Kmq). Di forma quadrangolare, è separato dal mare da un cordone di sabbia lungo 10 Km. La striscia di dune in prossimità del mare è coperta da un fitto bosco in cui prevale il pino, l'eucalipto, il lentisco. Comunica con il mare per mezzo di due canali navigabili: Foce Varano e Foce Capoiale. È alimentato da numerose sorgenti subacquee di acqua dolce che scaturiscono dalle vicine montagne di Cagnano Varano. Famoso per la pesca delle anguille (anguilla vulgaris), anticamente il lago doveva essere un'insenatura la cui imboccatura venne chiusa da una forte bufera di mare che sommerse la città di Varano.

Sulla sponda orientale del lago di Varano sorge la Chiesa del SS. Crocifisso, nella quale si venera un bellissimo crocifisso ligneo risalente al 1300. Ad esso è attribuito il miracolo della pioggia del 23 aprile 1717, che salvò il raccolto dalla prolungata e tremenda siccita abbattutasi in queste zone. In ricordo di quell'evento ogni anno, nella medesima data, si svolge una solenne processione che si conclude con spettacolari fuochi pirotecnici.